10년 전까지만 해도 절친한 사이였던 6명의 소꿉친구들. 하지만 어느 사건을 계기로 서로의 사이에 거리감이 생겨버린다. 소꿉친구들 중 리더격이었던 소년 야도미 진타는 학업 문제때문에 좌절하여 등교를 거부하며 히키코모리 비슷한 생활을 보내고 있었다. 

그러던 어느 날, 진타는 소꿉친구 중의 한 명인 혼마 메이코에게서 '들어주었으면 하는 소원이 있다'는 부탁을 받게 되고, 그것을 계기로 각자 다른 생활을 보내고 있던 소꿉친구 6명은 다시 모이기 시작하게 된다.

오카베 린타로── 통칭 오카린──은, 아직도 중2병에서 벗어나지 못하는 대학생.

'광기의 매드 사이언티스트 · 호오인 쿄우마'를 자칭해, '미래 가제트 연구소'라고 하는, 멤버가 고작 3명뿐인 서클에서 괴상한 물건을 발명하는 나날을 보내고 있다.

그런 그들이 어느 순간 우연히 과거로 문자를 보낼 수 있는 발명품, 즉 '타임 머신'을 만들고 만다──

SERN, 존 타이타, 환상의 레트로 PC 'IBN 5100', 타임 머신,
나비효과, 시간 여행의 11가지 이론──

여러 가지 요인이 우연히 서로 겹쳤을 때, 아키하바라에서 갑자기 일어나는 세계 규모의 대사건!

"미래로의 선택"이 맡겨진 오카린 일행이 내리는 결단이란?

과거에 자신들이 저질렀던 잘못을 바로잡기 위한 단서를 찾고 있는 에드와 알 형제는 여전히 정처없는 여행을 계속하고 있었다. 그러던 어느날 수도인 센트럴 시티의 중앙형무소에서 폭파 사건이 발생하고, 에드와 알은 그 곳으로 향했다가 거기서 멜빈 보이져라는 탈옥수와 대치하게 된다. 멜빈이 사용한 미지의 연금술로 인해 그를 놓치고 만 형제는 멜빈이 사용한 연금술에 대한 비밀을 풀기 위해 조사를 시작한다.

그러던 중 멜빈이 얼마 전 아메스트리스에 밀입국하려다 체포된 크레타인 줄리아와 관련이 있다는 사실을 알게 된 형제는 그녀를 찾기 위해 크레타와 국경을 접하고 있는 마을 테이블 시티로 떠난다. 거대한 암반 '데스캐니언'으로 둘러싸인 그 곳은 오래 전 '미로스'라는 이름으로 불렸던 지역으로, 줄리아는 미로스의 부흥을 위해 암약하고 있는 레지스탕스 조직 '검은 박쥐'의 일원이었다. 줄리아를 통해 에드와 알 형제는 과거 미로스에서 일어났던 참극과 비참한 역사를 알게 되는데...