쿈은 본래의 세계에서 나가토가 빌려주었던 해외 SF 대장편의 1권에서, 나가토의 글씨로 "프로그램 가동 조건: 열쇠를 갖추어라. 최종 기한: 이틀 후" 라고 써진 쪽지를 발견한다. 이 세계의 나가토는 알지 못하는 일이었지만, 본래의 나가토 유키가 이 세계에 남긴 메시지였다.
그리고 우연히
타니구치가
스즈미야 하루히를 여전히 기억하고 있다는 것을 알게 된다. 이 세계의 스즈미야 하루히는 코요엔 학원에 진학했다는 것도. 이 세계의
코요엔 여학원은
남녀공학이 되었으며, 쿈은 코요엔 학원에 다니고 있는 하루히와 코이즈미를 만나게 된다. 이 세계의 하루히는 기타고가 아니라 코요엔 학원에 다니고 있었던 것이다. 사라졌던 키타고교 1학년 9반 애들도 몇명인가 왠지 이 학교에 있었다.
이 세계의
스즈미야 하루히는 입학했을 때와 똑같이 긴 머리에,
SOS단을 발족하기 전처럼 뚱하고
욕구불만에 가득한 표정을 짓고 있었다. 물론 이 세계의 하루히 역시 세계를 뒤흔들던 그 무시무시한 능력은 갖고 있지 않는
아주 평범한 소녀였다. 뭐 성격은 그대로이지만. 그리고 이 세계의 코이즈미 역시 초능력자 같은게 아닌 아주 평범한 소년이었다. 참고로 이곳의 코이즈미도 전학 온 거라고 하며, 단지 전학생이란 이유로 잠시 하루히의 흥미를 끌었었지만, 그것도 슬슬 시들시들해 지고 있던 참이었다. 그리고 이 세계의 코이즈미도 하루히에게 이성으로서의 호감을 가지고 있으며, 그래서인지 SOS단이 있던 세계에서 하루히의 관심을 받던 쿈이 부럽다는 말을 하기도 한다.
이곳의 하루히와 처음 만났을 때는
스토커 취급을 받았지만
존 스미스를 언급한 쿈은 하루히의 흥미를 끌게 되고, 이 세계의 3년 전은 본래의 세계와 다르지 않았으며 과거의 자신이 하루히를
만난 사건이 바뀌지도 않았다는 것을 알게 된다. 쿈은 하루히에게 자신이 알고 있는 모든 사실들(SOS단 멤버들의 정체와 원래 하루히가 지니고 있던 그 무시무시한 능력까지도)을 이야기 해주고, 일반인이라면 황당무계하다고 무시해버릴 그런 이야기에 하루히는 "재미 있으니까!" 라는 이유로 쿈의 말을 전부 믿어 준다. 그리고는 그녀 특유의 행동력을 발휘해 나가토, 미쿠루, 코이즈미를 모아서 5명의 단원 전원이 SOS단의 부실에 모이게 된다.
그러자 컴퓨터에서 본래 세계의 나가토가 남긴 메시지가 나타난다. 그것은 SOS단원들을 "열쇠"로 하여 발동하는 긴급 탈출 프로그램이었다. 작동시키지 않는다면 평범한 이 세계에 남게 된다. 이 세계의 하루히라면 틀림없이 SOS단을 다시 결성할 것이고, 즐거운 활동을 할 수 있게 될 것이다. 물론 외계인이나 초능력자, 미래인은 없는 안전하고 평범한 세계지만...반대로 작동시킨다면 그 의미는 쿈이 하루히가 만들어낸 이상한 세계를 바란다는 것.
조금의 망설임도 없이 프로그램을 작동시킨 쿈은 시공이동을 했던 3년 전의 칠석날 밤으로 이동하고, 그곳에서 아사히나 미쿠루(大)를 만난다. 그리고 미쿠루는 쿈이 나타날 것을 이미 알고 있었다는 듯이 쿈을 본래 세계의
나가토 유키에게 데려간다. 나가토의 분석에 의하면, 시공을 변경한 범인은 스즈미야 하루히에게서 훔쳐낸 정보창조능력을 최대한으로 활용하여 12월 18일을 기준으로 365일 범위의 시공을 수정해버렸고, 그 결과 소실의 세계가 만들어진 것이다. (참고로 소실의 세계에선 정보통합사념체가 아예 존재하지 않는다고 한다.) 나가토한테서 범인에게 주입할 재수정 프로그램을 받은 쿈은 다시 3년 후의 세계, 시공변경이 벌어지는 바로 그 순간으로 가게 된다.
시공을 변경한 범인은 3년 후의 나가토 유키.
그 동안의 많은 활동으로 완전히 지쳐버린 나가토는, 그동안 축적된 '에러 데이터'의 영향으로 결국 버그가 발생해 이런 이상 동작을 일으켰다고 한다. 평범한 일상이 계속되는 세계를 바라게 되었고 스즈미야 하루히의 힘을 빼앗아
자신이 바라는 세계를 만들어 버린 다음, '단 한사람' 쿈만은 그대로 냅둬서 본래 세계가 좋을지 바뀐 세계가 좋을지 쿈에게 선택권을 맡긴 것이다. 쿈은 나가토가 말하는 에러 데이터는 바로 "감정"이라고 마음 속으로 생각한다. 그리고 나가토가 그 동안 매우 힘들어 했다는 점에 안타까움을 느낀다.
시공 변경을 일으킨 직후, 나가토는 자기 자신까지 수정하여 아무것도 모르는 평범한 소녀가 되어버렸다. 쿈은 나가토에게 다가가서 말을 걸지만 그녀는 정말로 아무것도 모르기 때문에 혼란스러워 할 뿐이다. 그리고 쿈은 평범한 소녀가 되어 버린 나가토에게 재수정 프로그램을 주입하려 하지만, 그 때 갑자기 나타난
아사쿠라 료코가 내지른
나이프에 옆구리를 찔려 과다출혈로 죽을 위기에 놓인다. 그리고…….